隨著測序等技術的發(fā)展，人們對微生物多樣性的認識也越來越全面，并發(fā)現(xiàn)有很多環(huán)境中存在的微生物并不能在固體培養(yǎng)基上生長。長期以來，研究人員一直試圖找出限制微生物生長的因素，希望從環(huán)境樣品中盡可能多的分離培養(yǎng)高多樣性以及新微生物物種。目前比較廣泛應用的方法包括:微生物的原位培養(yǎng)，微流控技術，以及配制不同營養(yǎng)成分的培養(yǎng)基以更好地讓微生物們在培養(yǎng)基上生長等。但是在實踐中，研究者發(fā)現(xiàn)總的微生物數(shù)量和可培養(yǎng)的微生物之間經常存在著差異，一般我們把這種現(xiàn)象叫“平板計數(shù)異常”。有研究者估計只有1%的土壤細菌才能被培養(yǎng)，并且我們還需要準備成百上千種不同的培養(yǎng)基，來應對不同微生物的生長需求。

為什么大多數(shù)的微生物如此難培養(yǎng)呢？
部分微生物生長緩慢
在培養(yǎng)基上不形成克隆
它們需要一些未知的養(yǎng)分或者生長因子
依賴其它微生物或者宿主細胞共生
產生對自身作用的毒素
部分微生物是寡營養(yǎng)類型，高營養(yǎng)會致死
它們在休眠期
它們需要持續(xù)供給生長底物
但即使這樣，依靠稀釋涂平板方法獲得微生物類群種類還是比較低，為什么許多微生物不在瓊脂培養(yǎng)基上生長呢？

培養(yǎng)基制備要求：
培養(yǎng)基制備的質量將直接影響微生物生長。因為各種微生物對其營養(yǎng)要求不*相同，培養(yǎng)目的的不同，各種培養(yǎng)基制備要求如下：
1、根據培養(yǎng)基配方的成分按量稱取，然后溶于蒸餾水中，在使用前對應用的試劑藥品應進行質量檢驗。
2、PH 測定及調節(jié)：PH測定要在培養(yǎng)基冷至室溫時進行，因在熱或冷的情況下，其PH有一定差異，當測定好時，按計算量加入堿或酸混勻后，應再測試一次。培養(yǎng)基 PH值一定要準確，否則會影響微生物的生長或影響結果的觀察。但需注意因高壓滅菌可影響一些培養(yǎng)基的 PH 降低或升高，故不宜滅菌壓力過高或次數(shù)太多，以免影響培養(yǎng)基的質量，指示劑、去氧膽酸鈉、瓊脂等一般在調完PH后再加入。
3、培養(yǎng)基需保持澄清，便于觀察細菌的生長情況，培養(yǎng)基加熱煮沸后，可用脫脂棉 花或絨布過濾，以除去沉淀物，必要時可用雞蛋白澄清處理，所用瓊脂條要預先洗凈晾干后使用，避免因瓊脂含雜質而影響透明度。
4、盛裝培養(yǎng)基不宜用鐵、銅等容器，使用洗凈的中性硬質玻璃容器為好。
5、培養(yǎng)基的滅菌既要達到*滅菌目的，又要注意不因加熱而降低其營養(yǎng)價值，一般121℃15min即可，如為含有不耐高熱物質的培養(yǎng)基如糖類、血清、明膠等，則應采用低溫滅菌或間歇法滅菌，一些不能加熱的試劑如亞碲酸鉀、卵黃、TTC、抗菌素等，待基礎瓊脂高壓滅菌后涼至50℃左右再加入。
6、每批培養(yǎng)基制備好后，應做無菌生長試驗及所檢菌株生長試驗。如果是生化培養(yǎng) 基，使用標準菌株接種培養(yǎng)，觀察生化反應結果，應呈正常反應，培養(yǎng)基不應貯存過久，必要時可置4℃冰箱存放。
7、目前各種干燥培養(yǎng)基較多，每批需用標準菌株進行生長試驗或生化反應觀察，各種培養(yǎng)基用相應菌株生長試驗良好后方可應用，新購進的或存放過久的干燥培養(yǎng)基，在配制時也應測PH，使用時需根據產品說明書用量和方法進行。
8、每批制備的培養(yǎng)基所用化學試劑、滅菌情況及菌株生長試驗結果、制作人員等應做好記錄，以備查詢。